Tran Van Dung, 57, wurde entlassen, weil er "schwerwiegende Verstöße und Verfehlungen begangen hat", teilte das Ministerium in einer Erklärung mit, ohne näher darauf einzugehen.
Dung reagierte nicht auf Bitten um einen Kommentar.
Das südostasiatische Land rief im März dazu auf, die Korruptionsbekämpfung zu verstärken und sich dabei auf die Finanzmärkte zu konzentrieren.
Eine Reihe hochkarätiger Verhaftungen von Unternehmen wegen des Vorwurfs der Marktmanipulation hat bei vietnamesischen Aktien einen Verlust von 40 Milliarden Dollar ausgelöst und das Vertrauen der Anleger in die schnell wachsende Wirtschaft erschüttert.
Anfang dieser Woche wurde der Generaldirektor der Hochiminh-Börse aus der Kommunistischen Partei Vietnams ausgeschlossen und die Behörden verwarnten mehrere andere Börsenfunktionäre wegen "Verstößen".
