Ultima Genomics, Inc. hat eine umfassende Zusammenarbeit mit NVIDIA bekannt gegeben, die KI-beschleunigte Analysen in mehreren Phasen des DNA-Sequenzierungs- und Analyseprozesses ermöglicht. Die Zusammenarbeit umfasst den Einsatz von NVIDIA GPUs für Deep Learning in der Photometrie und im Base-Calling und wird bald auch die Beschleunigung des Varianten-Calling umfassen. In den letzten fünf Jahren hat Ultima Genomics eine grundlegend neue Sequenzierungsarchitektur entwickelt, die über herkömmliche Ansätze hinausgeht und eine völlig andere Fließzellentechnik, Sequenzierungschemie und maschinelles Lernen umfasst.

Ultima befindet sich derzeit in einem Early-Access-Programm für das UG 100™, sein erstes Next-Generation-Sequenzierungsinstrument mit hohem Durchsatz, das diese neue Technologie nutzt, die es Kunden ermöglicht, hochwertige Sequenzierungsdaten zu einem Preis von $1/Gb zu erzeugen. Genomik trifft KI: Das Ultima-Instrument nutzt NVIDIA A30 Grafikprozessoren mit der NVIDIA Clara [2] KI-Computing-Plattform, um hochpräzise und beschleunigte Primär- und Sekundäranalysen für Kunden anzubieten, die genomische Analysen in großem Maßstab durchführen möchten. Ultima hat gesondert Partnerschaften angekündigt, um Ultima-spezifische Keimbahn-Variantenaufruf-Pipelines für Googles DeepVariant zu entwickeln.

Diese benutzerdefinierten Modelle können mit NVIDIA Clara Parabricks ausgeführt werden, das diese und andere Anwendungen für die Sekundäranalyse beschleunigt. Die NVIDIA Clara Parabricks Berechnungspipelines nutzen die CUDA-, HPC-, KI- und Datenanalyse-Stacks von NVIDIA, um GPU-beschleunigte Bibliotheken, Pipelines und Referenzanwendungs-Workflows für Primär-, Sekundär- und Tertiäranalysen bereitzustellen. Standardlösungen werden mit einem Toolkit gekoppelt, das die Entwicklung neuer Anwendungen unterstützt, um den sich schnell entwickelnden Anforderungen von Genomiklabors mit hohem Durchsatz gerecht zu werden.