Oxford Nanopore Technologies plc kündigte eine Zusammenarbeit mit 10x Genomics an, um einen optimierten Arbeitsablauf für die Sequenzierung von Transkripten in voller Länge in einzelnen Reads auf hochverfügbaren Oxford Nanopore Geräten zu ermöglichen. Dies wird den Anwendern die Möglichkeit geben, Merkmale wie Fusionsgene oder Transkripte mit repetitiven Regionen zu überbrücken und so reichhaltige, kostengünstige Einzelzell- und räumliche Sequenzierungsdaten zu erzeugen. Die Zusammenarbeit umfasst die Aufnahme der PromethION-Geräte von Oxford Nanopore und ausgewählter Verbrauchsmaterialien in Verbindung mit der Probenvorbereitung auf den Geräten von 10x Genomics in das 10x Genomics Compatible Partner Program (CPP).

Parallel dazu hat Oxford Nanopore ein neues, offen zugängliches End-to-End-Nanopore-Protokoll für Einzelzellen veröffentlicht. Beide Parteien sind der Ansicht, dass dies eine optimierte Kundenerfahrung ermöglicht und den überzeugenden Nutzen der Nanopore-basierten Sequenzierung in Verbindung mit den Workflows von 10x Genomics hervorhebt. Die Analyse der genomischen und transkriptomischen Heterogenität auf Einzelzellebene hat neue Erkenntnisse in vielen Forschungsbereichen geliefert, darunter Krebsforschung, Zellbiologie, Embryonalentwicklung und Immunologie.

Die Verwendung der herkömmlichen Short-Read-Sequenzierungstechnologie kann jedoch dazu führen, dass bestimmte Informationen wie die isoformspezifische Transkriptionshäufigkeit für die Forscher unsichtbar bleiben. In der App Note von 10x Genomics wird erläutert, dass die Daten zum Zell-Calling und Clustering aus der Sequenzierung von Langfragmenten mit denen von Kurzfragmenten vergleichbar sind und dass es bei der weiteren Analyse von Daten aus der Sequenzierung von Langfragmenten möglich war, Isoformen, die zwischen Zelltypen unterschiedlich exprimiert werden, genau zu identifizieren. Die Nanopore-Sequenzierung löst diese Herausforderungen, indem sie die End-to-End-Sequenzierung von Transkripten in voller Länge in einzelnen Reads ermöglicht, die Merkmale wie Fusionsgene oder Transkripte mit repetitiven Regionen umfassen.

Durch die Kombination der Leistungsfähigkeit der Einzelzell- und räumlichen Assays von 10x Genomics mit der Nanopore-Sequenzierung steht Forschern ein leistungsstarkes neues Werkzeug zur Verfügung, mit dem sie einzigartige Unterschiede in der Expression von Isoformen, alternativem Spleißen, zellulären Subtypen, Immunrezeptorprofilen, räumlicher Transkriptomik und anderen neuen Anwendungen erkennen können. Zu den im 10x Genomics CPP aufgeführten Produkten von Oxford Nanopore gehören PromethION-Geräte, Durchflusszellen und Kits. Zusätzlich zu diesen Produkten, die mit den Assays von 10x Genomics kompatibel sind, bedeutet ein neues, offen zugängliches Nanopore-Protokoll, dass die Kunden keine langwierigen oder komplexen Sequenzierungs-Workflows verwenden müssen, um Isoform-Informationen zu erhalten, was bei anderen traditionellen Sequenzierungsmethoden und sogar bei einigen neueren Ansätzen bis zu zwei oder drei Tage dauern kann.

Mit Oxford Nanopore können die Nutzer von 10x Genomics ihren Daten jetzt ganz einfach eine neue Dimension hinzufügen, indem sie den schnellsten und kostengünstigsten Ansatz zur Sequenzierung von Transkripten in voller Länge verwenden. Da Einzelzell- und räumliche Analysen unglaublich datenintensiv und komplex sein können, sind sie ideal für die PromethION Flow Cells und Geräte von Oxford Nanopore geeignet, die den höchsten Sequenzierdurchsatz ermöglichen. Ein typisches Einzelzell-Atlas-Projekt ähnelt in der Größenordnung der Daten einer Populationsgenomik-Studie, bei der ein ganzes Transkriptom für jede einzelne Zelle in einer Probe erstellt wird.

Oxford Nanopore wird nun die Sequenzierung in voller Länge mit dem höchsten Durchsatz für die Einzelzellsequenzierung anbieten, mit über 80 Millionen zellzugeordneten Reads in voller Länge pro PromethION Flow Cell. In seinem Bestreben, den Zugang zur Humangenetik zu verbessern, hat Oxford Nanopore gestern die Einführung seines PromethION 2 (P2) Solo Sequenzierers bekannt gegeben. Dabei handelt es sich um das weltweit zugänglichste Sequenziergerät mit hoher Ausbeute, das das Potenzial hat, den Zugang zu genauer, schneller und erschwinglicher Sequenzierung für die Humangenetik und andere größere Datensätze erheblich zu erweitern. Mit einem Einstiegspaket ab 10.455 USD ist das P2 Solo-Gerät das einzige kleine Sequenziergerät mit hoher Ausbeute auf dem Markt, das es jedem ermöglicht, über die grundlegende DNA-Analyse hinauszugehen und eine umfassendere Analyse durchzuführen.

Der P2 Solo kann zwei PromethION Flow Cells mit hoher Ausbeute unabhängig voneinander betreiben, die ideal für die Einzelzell- und räumliche Transkriptomik geeignet sind. Mit Oxford Nanopore haben Forscher, die 10x Genomics verwenden, jetzt die Möglichkeit, ihre Einzelzell- und räumlichen Experimente zu rationalisieren, indem sie Probenvorbereitung und Sequenzierung durchführen, ohne warten zu müssen. Oxford Nanopore bietet auch einen PromethION 24 und einen PromethION 48 an, die beide einen wesentlich höheren Durchsatz haben und für größere Einzelzell-Atlas-Projekte eingesetzt werden können.

Die Geräte von Oxford Nanopore nutzen die hochpräzise Nanopore-Sequenzierung von nativen Reads beliebiger Länge, um die Auflösung der Ergebnisse zu verbessern und den Genomikmarkt zu öffnen, indem sie jedermann an jedem Ort innerhalb von Stunden statt Tagen oder Wochen mit ertragreichen Ganzgenom-Sequenzierungsdaten ausstatten.