Oxford Nanopore gab in Zusammenarbeit mit Quadram Institute Bioscience (QIB) bekannt, dass es einen neuen schnellen Arbeitsablauf entwickelt hat, der in einer Phase-I-Studie zur Identifizierung von DR-TB gezeigt wurde und der, wenn er validiert ist, Klinikern helfen könnte, die Krankheit in Zukunft weltweit zu bekämpfen. Die Medikamentenresistenz ist ein großes Hindernis für die weltweiten Bemühungen zur Verringerung der Tuberkulose-Inzidenz, die im Jahr 2020 nach COVID-191 die zweithäufigste infektiöse Todesursache war. Der Mangel an schnellen, präzisen und aussagekräftigen Tests für DR-TB verschlimmert ihre Ausbreitung. Große Gesundheitsorganisationen und Nichtregierungsorganisationen (NRO) haben sequenzbasierte Tests auf Medikamentenresistenz als Priorität identifiziert. Im Jahr 2019 wurde das Programm Seq&Treat ins Leben gerufen, um eine verbesserte Erkennung von DR-TB durch die Einführung und Beschleunigung der Sequenzierung im klinischen Umfeld zu erforschen. Oxford Nanopore hat zusammen mit QIB im Rahmen von Seq&Treat, das von Unitaid finanziert und von der Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND) geleitet wird, die Phase I einer Studie zur gezielten Next-Generation-Sequenzierung (NGS) von DR-TB erfolgreich abgeschlossen. Dabei ging es um die Entwicklung eines schnellen End-to-End-Sequenzierungs-Workflows zur Identifizierung von Mutationen, die mit Arzneimittelresistenz im gesamten TB-Genom in Verbindung stehen, direkt aus klinischen Proben im Rahmen einer Forschungsstudie. Die Nanopore-Lösung für die gezielte Sequenzierung war in der analytischen Bewertung der Phase I erfolgreich, da sie die wichtigsten Leistungsziele der Weltgesundheitsorganisation (WHO) erreichte oder übertraf, darunter die genotypische Sensitivität (>98%), die genotypische Spezifität (>98%), die Ausfallraten bei der Nachweisgrenze (< 1000 Zellen) (0%), die Durchlaufzeit (Ziel < 24 Stunden, erreicht 8 Stunden) und die Fähigkeit, gemischte Resistenzen nachzuweisen (=10% Heteroresistenznachweis). Oxford Nanopore ist nun in die Phase II eingetreten, in der die Leistung der Lösung ab April 2022 in einer prospektiven klinischen Studie in Indien, Südafrika und Georgien bewertet werden soll. Ein Erfolg in dieser und der letzten Phase wird voraussichtlich zu der Bestätigung führen, dass die Oxford Nanopore Sequenzierungslösung die diagnostischen Leistungskriterien erfüllt, die in dem von FIND/WHO erstellten NGS Target Product Profile (TPP) für die klinische Diagnose von arzneimittelresistenter TB beschrieben sind. Die Sequenzierungslösung von Oxford Nanopore ist nur für die biowissenschaftliche Forschung erhältlich. TB ist nach wie vor eine der tödlichsten Krankheiten der Welt, mit geschätzten 10 Millionen gemeldeten neuen Fällen im Jahr 2020, 1,5 Millionen Todesfällen und drei Millionen nicht diagnostizierten Patienten. Multiresistente TB (MDR-TB) und extensiv arzneimittelresistente TB (XDR-TB) stellen eine große Bedrohung für die TB-Kontrolle dar, da sie etwa 10% der diagnostizierten Fälle ausmachen und die Behandlung der betroffenen Patienten 50 bis 200 Mal teurer ist als die von Patienten mit arzneimittelsensitiver TB. Nur etwa einer von drei Menschen mit medikamentöser DR-TB erhielt im Jahr 2020 eine Behandlung, so dass die Mehrheit der DR-TB-Patienten keinen Zugang zu einer angemessenen Versorgung hat. Ein schneller und umfassender Nachweis von Resistenzen direkt aus Patientenproben (Sputum oder dekontaminiertes Sputum) ist erforderlich, um eine angemessene Therapie für DR-TB einzuleiten. Die gezielte Sequenzierung mit Nanoporen kann schnellere und umfassendere Daten liefern, die von Klinikern genutzt werden können, um Arzneimittelresistenzen besser zu erkennen als die derzeitigen kulturellen und molekularen Methoden. Dies ist nicht das erste Mal, dass die Nanopore-Technologie in der Forschung eingesetzt wird, um das Potenzial zur Bekämpfung von DR-TB aufzuzeigen. In einer Studie aus dem Jahr 2018 untersuchte ein Forscherteam die Möglichkeit einer Point-of-Care-TB-Nanopore-Sequenzierung des gesamten Genoms im ländlichen Madagaskar mit dem tragbaren MinION-Gerät. Dazu wurden 20 einheimische Wissenschaftler in der Anwendung der Nanopore-Technologie für die DR-TB-DNA-Sequenzierung geschult. Die Tragbarkeit, die Vielseitigkeit und die niedrigen Investitionskosten des MinION machen ihn ideal für die gezielte Sequenzierung der nächsten Generation zur Überwachung von DR-TB und haben das Potenzial, zu einer Lösung für die Untersuchung der Medikamentenempfindlichkeit (DST) zu werden. Das Team kam zu dem Schluss, dass die Forschung gezeigt hat, dass es sich um eine vielversprechende DST-Lösung handelt und dass sie schnelle, klinisch relevante Daten liefert, die bei der Behandlung komplexer DR-TB helfen.