Der Nikkei fiel um 1,42% auf 27.594,73, während der breiter gefasste Topix um 1,77% auf 1.925,49 fiel.
"Es gab mehrere Gründe, heute Aktien zu verkaufen, um Gewinne zu sichern. Erstens war die Wall Street über Nacht schwach. Außerdem waren die Anleger über die Risiken einer Verschlechterung der Beziehungen zwischen den USA und China besorgt", sagte Ikuo Mitsui, ein Fondsmanager bei Aizawa Securities. "Ein weiterer Grund war der erstarkende Yen."
Die Wall Street schloss nach einer unruhigen Sitzung am Montag niedriger, wobei Rückgänge bei Exxon Mobil und anderen Energieunternehmen gegen Gewinne bei Boeing standen, während die Anleger die größten monatlichen Gewinne des US-Aktienmarktes seit zwei Jahren verdauten.
Die Anleger waren besorgt über eine Eskalation der Spannungen zwischen China und den USA, da Pelosi gegen den Widerstand Chinas, das die selbstverwaltete Insel als abtrünnige Provinz betrachtet, Taiwan besuchen wollte.
Der Chip-Hersteller Tokyo Electron fiel um 2% und war der größte Belastungsfaktor für den Nikkei. Der Klimatechnikhersteller Daikin Industries verlor 3,04% und der Roboterhersteller Fanuc gab 2,16% nach.
Toyota Motor gab um 2,6% nach und war der größte Belastungsfaktor im Topix.
JSR fiel um 18,57% auf sein Tagestief, nachdem der Hersteller von Halbleitermaterialien seine jährliche Gewinnprognose gesenkt hatte.
Der Automobilhersteller Hino Motors fiel um 9,86%, nachdem bekannt wurde, dass der Umfang der angekündigten Fälschung von Zulassungsdaten größer sein könnte als bisher angenommen.
Der Sensor- und Magnethersteller TDK stieg um 13,5%, nachdem er einen höheren Quartalsgewinn gemeldet hatte.
Im Nikkei-Index gab es 18 Aufsteiger, während 206 Absteiger zu verzeichnen waren.
Das Volumen der an der Tokioter Börse gehandelten Aktien lag bei 1,2 Milliarden, verglichen mit dem Durchschnitt von 1,18 Milliarden in den vergangenen 30 Tagen. (Berichterstattung von Junko Fujita; Redaktion: Subhranshu Sahu und Shailesh Kuber)
