Illumina, Inc. hat einen neuen Forschungstest für die Identifizierung von Krankheitserregern und antimikrobiellen Resistenzen im Urogenitaltrakt angekündigt. Das Illumina Urinary Pathogen Infectious Disease/Antimicrobial Resistance (ID/AMR) Panel (UPIP) wendet Präzisionsmetagenomik an, um Krankheitserreger zu erkennen und zu quantifizieren, einschließlich solcher, die gegen Medikamente resistent sind und komplizierte und wiederkehrende Harnwegsinfektionen (UTIs) verursachen. Harnwegsinfektionen gehören zu den häufigsten Infektionen, die in der Gemeinschaft und im Gesundheitswesen auftreten, und die zunehmende Medikamentenresistenz führt zu steigender Morbidität und Mortalität.

Diese Ankündigung folgt auf die Markteinführung von zwei Forschungstests im Oktober, die eine Überwachung von Hochrisikoviren ermöglichen. Dies ist Teil von Illuminas unerschütterlichem Engagement, die globale Bereitschaft für den Ausbruch von Epidemien und Pandemien zu unterstützen. UPIP, ein auf Next-Generation Sequencing (NGS) basierendes Panel, erkennt und quantifiziert in weniger als 48 Stunden über 170 Organismen, die Infektionen im Urogenitalbereich verursachen können, sowie mehr als 3700 AMR-Marker, die mit 18 verschiedenen Medikamentenklassen in Verbindung stehen. In Kombination mit der Verwendung von Explify®, einer vollautomatischen Datenanalyseplattform, liefert dieser Arbeitsablauf ein umfassendes Infektionsprofil von bakteriellen, pilzlichen, viralen und parasitären Mikroben.

In den Vereinigten Staaten sind Harnwegsinfektionen eine der häufigsten Infektionen in der Bevölkerung und bei Krankenhauspatienten; sie sind für durchschnittlich 10 Millionen Arztbesuche und 1 Million Krankenhausaufenthalte pro Jahr verantwortlich. Die Prävalenz von Medikamentenresistenzen bei krankheitsverursachenden Mikroorganismen (Uropathogenen) nimmt zu, und eine Antibiotikabehandlung für eine akute Infektion oder eine Prophylaxe kann wiederkehrende Infektionen oft nicht verhindern. UPIP identifiziert auch mehr als 20 sexuell übertragbare Krankheitserreger und ihr jeweiliges antimikrobielles Profil.

Die derzeitigen Testmethoden erfordern eine Kultur der Urinprobe als erste Nachweismethode für Harnwegsinfektionen und sexuell übertragbare Krankheiten, aber viele Organismen wachsen in der Kultur nicht und bleiben unentdeckt. UPIP erkennt und quantifiziert häufige und unterschätzte, aber wichtige Uropathogene, ohne dass eine Kultur erforderlich ist. UPIP kann auch langsam wachsende und anaerobe Bakterien identifizieren, die mit Harnwegsinfektionen in Verbindung gebracht werden und bei herkömmlichen Nachweismethoden typischerweise übersehen werden.

Die Präzisions-Metagenomik kann die Zeit, in der wichtige Informationen über Mikroben gewonnen werden, von Wochen auf Stunden reduzieren. UPIP ist das zweite Präzisions-Metagenomik-Panel auf der Illumina Explify®-Plattform. Es folgt auf das NGS-basierte Respiratory Pathogen ID/AMR Panel (RPIP), das im Juni 2020 in Partnerschaft mit IDbyDNA eingeführt wurde.

RPIP zielt auf über 280 Erreger der Atemwege ab, darunter SARS-CoV-2, Influenza, Respiratorisches Synzytialvirus, Bakterien, Pilze und mehr als 2000 AMR-Marker. Beide Erreger-Panels bieten einen kulturfreien, flexiblen und skalierbaren Arbeitsablauf in weniger als 48 Stunden und stellen damit eine schnelle und kostengünstige Lösung für den Nachweis von Atemwegs- und Harnwegsinfektionen in der klinischen Forschung dar. Über den Einsatz in der klinischen Forschung hinaus können sowohl RPIP als auch UPIP auch wertvolle Erkenntnisse für die öffentliche Gesundheit und die Überwachung liefern, indem sie zur Überwachung von Atemwegs- und Harnwegserregern sowie AMR-Markern in Abwasser- und Umweltproben eingesetzt werden.

Fachleute des öffentlichen Gesundheitswesens nutzen die Genomik immer häufiger zur Überwachung von Epidemien und Pandemien. NGS hat sich als flexibler, schneller und umfassender Ansatz im Vergleich zu traditionellen Methoden zur Bewertung von Krankheitserregern erwiesen. Es bietet eine universelle, kulturfreie Methode zur Charakterisierung und Überwachung von Infektionskrankheiten.

Illumina hat sich verpflichtet, die Bereitschaft für und die Reaktion auf zukünftige großflächige Ausbrüche zu unterstützen und Pandemien zu verhindern. Im Oktober hat Illumina das Viral Surveillance Panel (VSP) auf den Markt gebracht, das die Ganzgenomsequenzierung und Charakterisierung von 66 Viren anbietet, darunter SARS-CoV-2, Influenza, RSV, Affenpocken und Poliovirus, die ein hohes Risiko für die öffentliche Gesundheit darstellen. Das Design von VSP ermöglicht es Forschern und Wissenschaftlern des öffentlichen Gesundheitswesens, mehrere Hochrisikoviren (sowohl DNA als auch RNA) proaktiv zu überwachen und dabei eine Vielzahl von Probentypen zu verwenden, darunter Abwasser, Umweltproben und postklinische Proben.

Parallel zum VSP hat Illumina das Pan-Coronavirus Panel (Pan-CoV) auf den Markt gebracht, das den Nachweis und die Ganzgenomsequenzierung von 203 bekannten Coronaviren und über 370 Stämmen von tierischen und eng verwandten neuen Coronaviren ermöglicht. Mit diesem Panel können Forscher im Bereich der öffentlichen Gesundheit und der Zoonoseforschung Viren nachweisen und charakterisieren, die das Potenzial haben, von Wild- und Haustieren auf die menschliche Bevölkerung überzugehen.