NanoString Technologies, Inc. gab die Veröffentlichung des ersten öffentlichen Datensatzes des gesamten Transkriptoms bekannt, der mit echter Einzelzellauflösung mit dem CosMx? Spatial Molecular Imager (SMI) gewonnen wurde. Die Daten werden auf der 42. jährlichen J.P. Morgan Healthcare Conference 2024 in San Francisco während der Unternehmenspräsentation von NanoString am 10. Januar 2024 um 5:15 Uhr ET vorgestellt.

CosMx Whole Transcriptome Panel erreicht wissenschaftlichen Moonshot: NanoString ist das erste Unternehmen, dem der wissenschaftliche Durchbruch gelungen ist, ein echtes Single-Cell Whole Transcriptome Imaging anzubieten. Dieser technologische Meilenstein wurde mit Hilfe der CosMx SMI-Plattform erreicht, die es Forschern ermöglicht, die Expression jedes proteinkodierenden Gens im menschlichen Genom gleichzeitig in situ zu visualisieren und damit die ultimative Fähigkeit für die räumliche Biologie einzelner Zellen bereitzustellen. Das CosMx Whole Transcriptome Panel verändert die Möglichkeiten, biologische Erkenntnisse aus formalinfixierten, in Paraffin eingebetteten (FFPE) Gewebeproben zu gewinnen.

Durch die gleichzeitige Darstellung der Expression von fast 19.000 Genen bietet dieses Produkt eine fast 40-fache Abdeckung im Vergleich zu Assays, die derzeit von konkurrierenden Plattformen angeboten werden. Forscher können nun Millionen von Zellen pro Experiment untersuchen, seltene Zelltypen identifizieren und Zell-zu-Zell-Interaktionen im räumlichen Kontext verstehen, was ein umfassendes Verständnis zellulärer Landschaften ermöglicht, wie es bisher nicht möglich war. Diese Fähigkeiten werden zu niedrigeren Kosten pro Einzelzelle verfügbar sein und gleichzeitig einen höheren zellulären Durchsatz als die traditionelle Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-seq) bieten. NanoString plant, das CosMx Whole Transcriptome Panel im Jahr 2025 auf den Markt zu bringen.

NanoString feiert diesen Meilenstein mit der Veröffentlichung eines CosMx SMI-Datensatzes für das gesamte Transkriptom, der aus FFPE-Proben von gesundem menschlichem Pankreasgewebe gewonnen wurde. Dieser erste Datensatz seiner Art zeigt die funktionelle Biologie der Bauchspeicheldrüse und deckt seltene Zelltypen auf, die bei herkömmlichen scRNA-seq-Methoden normalerweise verloren gehen. Dieser Datensatz wurde mit einer Prototypversion des Panels und der zugehörigen Software erstellt. Es wird erwartet, dass sich die Leistung der neuen Funktion in der kommerziellen Vollversion verbessert und mit der Zeit noch beeindruckender wird.

In Erwartung des großen Interesses der wissenschaftlichen Gemeinschaft wird NanoString die Whole Transcriptome-Fähigkeiten von CosMx SMI bei Präsentationen auf der kommenden AGBT-Tagung in Orlando, Florida, vom 5. bis 8. Februar 2024 vorstellen. Kunden, die Zugang zu Prototypen des CosMx Whole Transcriptome Panel erhalten haben, werden Datensätze vorstellen, die bei Bauchspeicheldrüsenkrebs, Darmkrebs und dem menschlichen Gehirn erzeugt wurden.

NanoString bleibt auch auf Kurs, um mit der kommerziellen Auslieferung des CosMx Human 6K Discovery Panel im ersten Quartal 2024 zu beginnen. Dieses innovative Panel, das einen 6-fach höheren Plexus als die aktuellen CosMx SMI-Panels bietet, wird es Forschern ermöglichen, tiefer in Zellzustände und -funktionen einzudringen, komplizierte Zell-zu-Zell-Interaktionen zu erforschen und neue Einblicke in räumliche zelluläre Reaktionen auf einem noch nie dagewesenen Niveau zu liefern.