Bionano Genomics, Inc. gab eine von Experten begutachtete Veröffentlichung in der Zeitschrift Cancers bekannt, die von einem Team von Krebsforschern hauptsächlich am NCI-Designated Cancer Center, Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute und Scripps MD Anderson in La Jolla, Kalifornien, durchgeführt wurde. Die Publikation beschreibt die möglicherweise erste Studie, in der das Optical Genome Mapping (OGM) zur Entdeckung von Strukturvarianten (SVs) eingesetzt wird, die für die Arzneimittelresistenz und -empfindlichkeit bei Krebs verantwortlich sind. Studienaufbau: Patienten-Proben. In der Studie wurden 26 Leukämieproben von 23 Patienten analysiert, darunter 3 Proben von Patienten nach einem Rückfall.

Genom-Variations-Signaturen. Die Studie verglich Genomvariationssignaturen, die aus den Leukämieproben durch OGM und durch klassische zytogenetische Methoden wie Karyotypisierung (KT) und Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) gewonnen wurden. Medikamentenbibliothek: Für die Studie wurde eine breite Sammlung von 120 Krebsmedikamenten verwendet, die auf der Oncology Drug Library (ODL, ODL2 und ODL3) und den von der FDA zugelassenen Krebsmedikamenten aus dem Developmental Therapeutics Program des NCI basiert, einschließlich einiger experimenteller Wirkstoffe und solcher, die sich in Phase II/III-Studien befinden.

Assay für Medikamentenresistenz und -empfindlichkeit. In der Studie wurde ein Assay zur Messung der Zelllebensfähigkeit und des Wirkstoffscreenings verwendet, der darauf basiert, dass mit Leukämie angereicherte Zellsammlungen in Gegenwart verschiedener Konzentrationen von Wirkstoffen wachsen, um die Zelllebensfähigkeit zu messen. Zellen, die in Anwesenheit von Medikamenten gut wuchsen, wurden als resistent eingestuft, während diejenigen, die nicht wuchsen, als empfindlich eingestuft wurden.

Insgesamt zeigt die Studie, dass die OGM zur Erkennung von SV in Kombination mit Daten zur Medikamentensensitivität für dieselben Proben ein nützlicher Ansatz zur Identifizierung potenziell pathogener SV ist, die für die Medikamentensensitivität oder -resistenz verantwortlich sein könnten. Die wichtigsten Ergebnisse sind wie folgt OGM wies alle SVs nach, die mit klassischen zytogenetischen Methoden beobachtet worden waren, sowie mehrere zusätzliche Varianten, über die zuvor nicht berichtet worden war. BCR-ABL1-translozierte Leukämieproben sind erwartungsgemäß empfindlich gegenüber dem Tyrosinkinase-Inhibitor Nilotinib, zeigen aber eine Resistenz gegenüber Proteasom-Inhibitoren, Leukämieproben mit KMT2A-Translokationen sind mit einer Empfindlichkeit gegenüber den Mikrotubuli-Disruptoren Paclitaxel und Cabazitaxel und einer Resistenz gegenüber Inhibitoren der Bcl-2-Familie assoziiert. Chemosensitivitäts-Assoziationen mit SVs, die durch OGM entdeckt wurden, können mehrere potenzielle neue Behandlungsstrategien für Leukämie aufdecken.